Metode for DNA-ekstrahering


Det har i utgangspunktet vært to forskjellige sopper i hovedfokus. Sølvglans og frukttrekreft. De er begge svært skadelige for trærne og er blitt mer og mer vanlige hos Norske fruktbønder. Fruktrekreft eller Neonectria ditissima danner cankere eller knuter i greinene som hindrer transport til og fra greinen som er infisert. Til slutt vil greinen død ut. Sølvglans eller Chondrostereum purpureum fører til råte i silvev. Det kan også føre til den karakteristiske sølvglansen i bladene hos den infiserte planten.

Vi har brukt forskjellige teknikker for å identifisere soppene. I feltet kan man lete etter fruktemne til soppen, som hos sølvglans er kjuker, men hos frukttrekreft er det knutene og små sporehus i knutene som er synlige. -man kan også se etter sølvglans på bladene til trærne.

På labben har vi sett etter sporer. Da har vi brukt mikroskop ved 40x/0,65 forstørring. Sporene er fra 2-10 mikrometer.

På labben har vi også dyrket frem mycel av prøver vi har hentet fra felt. Dette gjøres for å være mer sikker på at det er soppen vi leter etter vi har funnet. Dette gjøres i to omganger. Først dyrker vi frem mycel fra en prøve på agar. Når denne har vokst frem i 5 dager, tok vi og isolerte mycelet ved å dyrke en bestemt del av den fremdyrkede prøven i en ny agar skål. Dette gjør at vi kun dyrker frem det vi i utgangspunktet lette etter. Det kan være vanskelig å kun få med seg soppen ved første dyrking da prøvene vi har tatt i feltet ikke er sterile.

For videre identifisering av soppen/mycelet vi nå har dyrket frem kan vi prøve å finne sporer. Da lette vi etter askosporer som er budder med sporer som vokser ut av hyfe nettverket. Hvis ikke vi finner sporer i fremdyrket mycel, så kan vi ekstrahere DNA for genetisk identifikasjon.

Fremdyrket mycelium fra feltprøve

For å ekstrahere DNA brukte vi flytende N2O for å fryse prøven og pestle og morter for å knuse/pulverisere mycelet. Så blir pulveret/prøven satt gjennom en rekke teknikker for å isolere DNA fra protein og annet. DNA ble så sendt til NIBIO på ÅS for å identifiseres.

Feltprøve delt opp med hagesaks for å gjøre det lettere å knuse

Feltprøve knust til støv med flytende N2O behandling

 

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *