Hei igjen!

Nå har jeg fått startet praksisen min hos SARS, og har allerede fått jobbet en god del timer! Praksisplassen min er under Marios Chatzigeorgiou sin forskningsgruppe. Her er det ciona intestinalis (grønnsekkdyr) som blir brukt som modellorganisme.

Allerede har jeg fått vært masse på laben og lært meg mange ulike teknikker. Blant annet blir det brukt mange ulike typer mikroskop som jeg får prøvd meg på! I tillegg har jeg lært en god del om ciona intestinalis, som jeg faktisk ikke hadde hørt om før jeg begynte her. Å ha praksis hos SARS er veldig spennende, og i dette blogginnlegget skal jeg fortelle litt mer om hva jeg gjør her.

Bilde av ciona intestinalis til venstre. Det oransje i dyret er egg som blir tatt ut for å befruktes, som så videre blir brukt i forskningen. Oppbevaring av dyrene til høyre.

.

Ciona intestinaliser faktisk ganske utbredt langs kysten i Norge. Ofte finner man de ved båthavner, festet til kjettinger, tang eller andre ting det er å feste seg på. Nå som jeg vet at de finnes legger man også merke til dem! Ciona blir brukt som modellorganisme blant annet fordi de har en rask utvikling og få antall celler i nervesystemet (ca. 231). I tillegg er de faktisk våres nærmeste slektning uten ryggrad (invertebrate dyr)! Fra et befruktet egg vil Ciona bli en larve (rompetroll-lignende) som svømmer rundt. Etter en stund vil denne larven feste seg til et punkt (for eksempel tang, kjetting, båter osv.) hvor den blir resten av livet. Den vil da utvikle seg til det dere ser på bildet over, og slippe ut nye egg som finner nye steder å feste seg. I denne forskningsgruppen er det kun når Ciona intestinaliser på larvestadiet at de blir brukt, da man kan se utviklingen av nervesystemet. De voksne dyrene som er på laben blir derfor brukt for å ta ut eggene for å befrukte de, for deretter å bruke embryoene.

Bilde av algene og bakteriene som blir brukt til å mate Ciona.

Ciona intestinaliser et filtreringsdyr, og ernærer seg på plankton og bakterier. Dyrene vi har på laben må derfor mates hver dag, noe som har vært min oppgave. I tillegg må disse algene og bakteriene fortynnes to dager i uken for at de ikke skal overgro

Målet med forskningen som gruppen driver med er å: «Karakterisere og modellere effekten av mekanotransduksjon i utviklingen av et enkelt kordatnervesystem».

Noen av hovedspørsmålene som skal prøves å bli besvart er derfor; Hvordan bygges Ciona-nervesystemet? Hvilke krefter er viktige for å bygge nervesystemet? Hva er celleatferden som oppstår i denne perioden? Hvordan kan vi modellere utviklingen av en enkel hjerne i 3D?

For å gjøre eksperimenter på dette, blir det blant annet tilsatt «drugs» som virker på forskjellige måter på dyrene/embryoene før de blir tatt bilde av med ulike mikroskop. Ulike typer av modifisert DNA fra bakterier blir også satt inn i dyrene for undersøkelser. Man kan da gjennom å se på celleformen over tid, målinger av krefter etc. se hvordan dette påvirker nervesystemet. For å få inn disse dataene må dyrene bli tatt bilde av i ulike mikroskop. Dette er noe av det jeg har gjort mye av, og kan ta dere litt gjennom prosessen,

Aller først blir dyrene sett på under et lysmikroskop, og de eggene man ser er dårlige/ikke utviklet seg blir tatt vekk.

Ciona intestinalis egg/embryoer under lysmikroskop.

.

Deretter ser man på dyrene under et confocal mikroskop, for å sjekke og velge ut hvilke av dyrene som har best signal.

Bilde av Ciona intestinalis under et confocal mikroskop.

.

Ciona intestinalis embryoer plassert i en arena av agarosegel.

For at embryoene skal ligge stille mens de blir tatt bilder av, og for å lettere finne de i mikroskopetsenere blir det laget en arena (grop i agarosegele) som de plasseres i. Dette syntes jeg var vanskelig i starten, fordi man må være rask før agarosen stivner, men etter litt øving går det bedre.

Etter at dyrene har vært gjennom et spinning disc- mikroskop, må bildene/videoene bli sett gjennom på en datamaskin. Her bruker jeg Fiji ImageJ til å se på bildene i ettertid og bestemme hvilke stadier dyrene er på ved start og slutt på videoene (dyrene ligger under mikroskopet under en viss tid), samt luke vekk de videoene som ikke ble bra.

Bilder av Ciona intestinalis i programmet Fiji ImageJ.

.

.

Utenom dette har jeg også fått prøvd meg med ulike molekylærbiologiske metoder på laben. Blant annet har jeg gjort midi preps og mini preps med bakterier, laget ulike PCR-produkter og kjørt gel-elektroforeser. Også andre småjobber som må bli gjort på laben (som man ikke tenker over når man har lab i andre fag) har jeg gjort. Dette er for eksempel å lage medium og fylle agarskålene (som bakteriene vokser på) med dette, fylle på med pipettespisser, autoklavere sjøvann, gjøre klart skålene som embryoene ligger på (de har et tynt lag med agarose i bunn for at de ikke skal feste seg fast) osv.

DNA fra bakterier gjennom midipreps til venstre, og underveis i midi-preps til høyre.

.

Dyrene som blir oppbevart på laben blir hentet fra det fri, og det er eggene og spermen fra disse som videre blir brukt i forsøkene. Derfor kan det også følge med andre spennende dyr sammen med Ciona når de blir hentet opp:

Litt bifangst

.

.

Jeg har det veldig gøy hos SARS og gleder meg til fortsettelsen!

Hedvig