Laboratoriearbeid: Sedimentprøver og Barcode of Life


Hei, igjen! Denne høsten har gått utrolig fort og nå nærmer det seg veldig slutten for dette praksisfaget. Litt rart at det snart er over egentlig. Sist fortalte jeg om hvordan det var å få være med ut i oppdrettsanlegg på B-undersøkelser. Siden den gang har jeg fått være med to ganger til, så det har nå blitt fem spennende dager ute på sjøen.

Denne gangen tenkte jeg å fortelle mer om hva jeg har gjort de dagene jeg har vært på NIVAs kontor her i byen. Det har gått veldig mye i labarbeid de siste ukene. Ett prosjekt de holder på med er å undersøke hva som finnes av ulike karbonisotoper i sedimentprøver fra mange forskjellige oppdrettsanlegg. Prøvene skal sendes til USA for analysering der, men jeg fikk i oppgave å gjøre klar mange av disse prøvene. Dette er et veldig møysommelig og ensformig arbeid fikk jeg erfare. Først må sedimentprøven helles ut av beholderen og oppi et begerglass. Her skal den røres sammen med skje slik at prøven blir helt jevn. Så skal litt av prøven helles oppi et lite prøveglass som man merker med lokasjon og dato. Mellom hver prøve skal begerglasset og alt det andre utstyret vaskes nøye med sprit. Til slutt skal alle prøveglassene settes i et tørkeskap. Når sedimentene er helt tørre begynner neste del av prosessen. Da må den tørre prøven skrapes ut av prøveglasset og helles i en slags morter som ligner veldig på en sånn man knuser krydder i. Prøven skal males opp slik at den blir helt finkornet før den helles tilbake i prøveglasset igjen. Her må også alt utstyret vaskes med sprit mellom hver prøve. Denne prosessen gikk jeg gjennom med ca. 100 sedimentprøver. Det høres kanskje ikke så mye ut, men det tok overraskende lang tid å fikse bare én prøve. Det ble ganske mange dager på laben med dette arbeidet, og det føltes så utrolig bra da jeg endelig var ferdig med alle. Skal innrømme at det kunne bli ganske kjedelig å gjøre det samme om og om igjen en hel dag, men det gikk heldigvis greit med musikk, podcast eller radio på øret. Akkurat dette arbeidet har jo ikke så mye med biologi å gjøre og det var i tillegg ikke særlig vanskelig. Jeg tror dette er noe en som ikke har studert biologi også kunne fått til for å si det sånn. Men det var uansett en grei erfaring. Det er jo slik i det virkelige liv at forskning og prøvetaking inneholder mye ensformig og tidkrevende arbeid som nødvendigvis ikke er spesielt gøy. Erfaring i labarbeid er alltid nyttig uansett.

Her rører jeg ut sedimentprøver fra oppdrettsanlegg. Jeg tror lukten av H2S har satt seg i nesa mi for alltid.

 

Noe annet jeg fikk prøve meg på på laben var deler av et prosjekt som kalles Barcode of Life. Dette er et prosjekt som går ut på å samle gensekvenser fra så mange som mulig av verdens arter slik at det kan brukes til å identifisere nye arter i tillegg til å lage et genbibliotek. Dette jobbes det med rundt omkring i hele verden, og Anders hos NIVA er en av de i Norge som deltar i dette prosjektet.

Dere kan lese mer om prosjektet her:

http://www.barcodeoflife.org/

Og den norske delen av prosjektet her:

http://www.norbol.org/

 

Det jeg fikk være med på var å gjøre klar noen små dyreplankton som lå i sprit. Jeg fjernet spriten med pipette, fylte oppi vann og lot dyrene ligge i vann noen minutter. Etterpå måtte vannet også fjernes med pipette. Det var utrolig vanskelig å fjerne spriten og vannet uten at det bittelille dyret også fulgte med i pipetten. Her måtte man virkelig være på vakt for å ikke miste dyrene, spesielt med de minste som man så vidt kunne se med det blotte øyet. Med andre ord var dette et litt tidkrevende og pirkete arbeid. Etter at vannet var fjernet, skulle det tilsettes et enzym som bryter ned cellene i dyret slik at DNA kan frigjøres. Her måtte antall mikroliter tilpasses størrelsen til dyret. Noen dyr var større enn de andre og trengte mer enzym. For at enzymet skulle virke optimalt, måtte eppendorfrøret med dyret og enzymet oppi settes oppi en slags maskin (aner ikke hva denne kalles) som holder 65 °C. Her skulle de stå i ca. 30 minutter. De største dyrene måtte som regel stå litt lengre. Man kunne etter en stund se at enzymet hadde virket da dyrene ble mer gjennomsiktige. Etter at enzymet hadde gjort jobben sin, skulle eppendorfrørene settes i en annen maskin som holdt ca. 90 °C i to minutter. Dette er for å denaturere enzymet og stanse prosessen. Så var det bare å sette rørene med dyrene i fryseren der de venter på å bli sendt til Canada. Det er nemlig der de sekvenserer DNA-et. Denne oppgaven var ganske gøy synes jeg. Det var fint å få jobbe litt med noe annet enn sedimentprøver, som det jo har blitt veldig mye av i høst.

 

Legg igjen en kommentar

Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *