Hei alle saman!
Eg heiter Mette Hammer, og skal ta dykk med på mi spennande reise inn i verda av bioinformatikk og fiskeimmunologi. Dette semesteret har eg starta på forskingsprosjekt i biologi (BIO299) ved Universitetet i Bergen, og har fått den fantastiske moglegheita til å utforske ein heilt ny sfære av forsking saman med Gyri Teien Haugland, som arbeider og forskar på fiskeimmunologi. Dette feltet har alltid verka spennande, og BIO299 gir meg sjansen til å verkeleg dykke ned i det for å sjå om dette er den rette vegen for meg vidare.
Mitt prosjekt handlar om å utforske signalmolekyla Interleukin-2 (IL2) og Interleukin-2 Like (IL2L) i rognkjeks. Dette er to viktige protein som spelar ei avgjerande rolle i reguleringa av T-hjelpeceller i immunsystemet(1). Forsking på desse molekyla kan gje oss viktig innsikt i korleis rognkjeksenes immunsystem fungerer.
Gjennom prosjektet skal me utføre fleire ulike metodar på labben. Til no har eg transformert bakteriar. Det vil seie å laga små hol i bakteriemembranen med elektrisitet, for å få plasmida inn i bakteriane.
Eg har så dyrka bakteriekulturar for å få uttrykt IL2 og IL2L proteina.
Figur 1. Bakteriekultur med IL2. veks på LB plate med to ulike typar antibiotika, Ampicilin og Chloraphenicol.
Me har køyrt fleire sodium dodecyl-sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). Denne metoden blir brukt til å separere proteina etter storleik og for å sjekke at våre protein har blitt uttrykte.
Figur 2 SDS-Page, farget med Comassie Blue. Brønn 1: Molekylvekts standard (str på protein banda(kDa) er oppgitt på venstre side). Brønn 2: Suspensjon av bakteriar som har IL2 plasmid, men utan tilsett IPTG. Denne vil fungerer som vår negative kontroll. Brønn 3: Suspensjon av bakterie som har IL2-plasmid og tilsett IPTG.
Eg har og køyrt western blott av SDS-gelen og denne metoden separerer og identifisere proteina.
Figur 3. Western Blott. Brønn 1: Molekylvekts standard. Brønn 2: Suspensjon av bakterie som har IL2-plasmid og tilsett IPTG. Brønn 3: Suspensjon av bakterie som har IL2L-plasmid og tilsett IPTG. Pilene viser de rekombinante proteina våre.
Vidare skal me reinse proteina, isolere immunceller frå rognkjeks, og køyre qPCR. Gjennom alle desse metodane håpar me til slutt å finne ut kva ulike gen IL2 og IL2L regulerer og forskjellane mellom dei.
Me brukar både metodar frå labben og statistiske analyser. Eit eksempel på statistisk analyse som eg skal gjere er ved analyse av qPCR resultata. Vidare skal eg lage proteinstruktur av dei ulike proteina. Dette vil gje oss meir kunnskap om foldinga til proteina, korleis dei bind til reseptorane og kva deler av proteinet som er aktivt.
Mi prosjektoppgåve gjev meg moglegheita til å utforske eit heilt nytt felt innan fiskeimmunologi. IL2 og IL2L er protein som ikkje tidlegare er karakteriserte i rognkjeks, så det er utruleg spennande å kunne vere med på å an-notere og forstå deira rolle i immunsystemet til denne fisken.
Som ein nykomling på laboratoriet har eg lært utruleg mykje om laboratorieteknikar, sikkerheit, korleis ein driv på med forsking, ulike verktøy ein brukar til statistiske analyser og korleis ein handterer utfordringar når eksperiment ikkje går heilt som planlagt. Det er ei bratt læringskurve, men det er akkurat det som gjer dette prosjektet så givande.
Så langt har min BIO299-reise vore spennande, og eg ser fram til dei komande vekene med meir forsking og løyse mysteriet om IL2 og IL2L.
Referanser:
- Wang T, Hu Y, Wangkahart E, Liu F, Wang A, Zahran E, et al. Interleukin (IL)-2 Is a Key Regulator of T Helper 1 and T Helper 2 Cytokine Expression in Fish: Functional Characterization of Two Divergent IL2 Paralogs in Salmonids. Front Immunol. 2018;9:1683.