Velkommen tilbake til mitt tredje blogginnlegg!

Markerer sju forskjellige kroppsdelar på kvar parasitt!

Hugsar du opptaka eg nemnte tidlegare, der me ser på parasitten si kjemikaliepåverka svømmeatferd? Vel, no har me begynt å analysere desse videoane. Dette har me gjort ved å trene opp ein AI-basert modell som skal spore bevegelsen til parasitten på videoane. Treninga foregår ved at eg manuelt markerer kor dei ulike kroppsdelane til parasitten er på tilfeldig utvalgte stillbilder frå videoane. Å leite etter parasitten på desse stillbileta minna meg om «Hvor er Willy» bøkene eg leste når eg var liten, då å finne parasitten til tider var utfordrande! Etter kvart som nok stillbilete er markert, vil modellen sjølv klare å identifisere kroppsdelane, og det vil dermed gå automatisk. Herifrå kan me hente ut data som gjennomsnittsfart og totaldistanse som er svømt.

Set posisjonen til parasitten for å så ta bilde av den etterpå.

I løpet av denne perioden har eg fått prøve meg på HCR in situ hybridisering, som er ein teknikk for å sjå kor mRNA-et til utvalde gen er uttrykt. Dette hadde eg aldri gjort før, og hadde kun frå tidlegare fag lært om korleis det fungerer i teorien. Denne teorien var god å ha i bakhovudet, då det einaste ein ser på lab er at ein bytter ut ei fargelaus væske med ein ny fargelaus væske. Når protokollen var ferdig, skulle parasittane monterast på objektglass for å kunne bli tatt bilde av. Her brukte me faktisk neglelakk som førte til at laben lukta som ein neglesalong! Det hadde eg aldri trudd eg skulle bruke på ein lab! Det var derimot fullt av fargar når me tok bilde av parasitten med confocal mikroskopet. Sidan nokon av reagensane i in situen er lyssensitive, er dette mikroskopet i eit rom med komplett mørke.

Åpnar opp posen me transporterte Cionaene inni.

No som eg har vore i praksis i fleire månadar, har eg hatt god tid til å sette meg inn i parasittologi, eit fagfelt eg ikkje kunne noko om frå før! Eg lærar noko nytt omtrent kvar dag, og har i overraskande stor grad fått bruk for teori eg har lært i tidlegare fag. Kunnskapen frå MOL214 (nervesystemet sin molekylærbiologi) har hjelpt meg med å velje ut kva kjemikalie me skulle teste for å påverke nervesystemet til parasitten, då dette ikkje var bestemt på førehand når eg blei med i prosjektet. Sidan eg jobba mykje sjølvstendig på lab under prosjektoppgåva eg hadde i haust (MOL231), hjalp dette mykje med å kome inn i nye labmetodar, lese protokollar og planlegge eigne labdagar.

Sist, men ikkje minst, har eg reist ut i Øygarden for å samle inn Ciona, som likar å opphalde seg langs bryggene i båthamner. På turen var me heldige og fann mykje Ciona med eingong! Som eit lite sideoppdrag, samla me med oss tang for å ta med tilbake til laben. Dette er maten til sneglane.

Snakkast i fjerde og siste blogginnlegg!