Hei igjen!

Nå har jeg vært 100 timer i yrkespraksis, og det har skjedd mye spennende siden sist!
Vi har gjort flere eksperimentelle opptak der vi testet ulike legemidler på parasitten. For å analysere disse videoene bruker vi ikke manuell gjennomgang, det ville tatt altfor lang tid, siden hver video har 19 bilderammer (frames) som må gjennomgås.

Markering av parasitter i DLC programmet.

Derfor fikk vi mulighet til å utvikle en atferdsmodell i programmet DeepLabCut (DLC), et åpenkildeverktøy basert på dyp læring. Det bruker posisjonsestimering for å analysere bestemte punkter på dyr. I vårt tilfelle valgte vi å markere syv punkter på parasitten for å spore bevegelsen mest mulig nøyaktig.

Samtidig har vi fortsatt med eksperimenter der parasittene utsettes for ulike kjemiske stoffer. Vi fullførte nylig et forsøk hvor vi brukte primære og sekundære antistoffer, samt behandling med proteinase K. Etter dette tilsatte vi DAPI, som gjør at prøven fluorescerer under mikroskopet. Deretter la vi prøven på et objektglass (mounting) og tok bilder for å se effekten av behandlingen. Resultatene viste at hodet til parasitten så annerledes ut sammenlignet med parasitter som ikke hadde fått proteinase K-behandling.

Brønnene i four-well plate-en blir tilsatt med buffer for vasking. I brønnene er det parasitter som har blitt tilsatt genprober.

Vi har også startet med et nytt eksperiment hvor vi bruker in situ hybridisering. Det innebærer å merke parasitten med fluorescerende mRNA for å vise hvilke deler av nervesystemet som er aktive. Til dette bruker vi et spesialmikroskop som tar bilder i flere plan og setter dem sammen til et tredimensjonalt bilde. Målet er å forstå hvilke komponenter som uttrykkes i halen, dette kan hjelpe oss å målrette kjemikalier som påvirker bevegelsen.

Meg som tilsetter en spesiell olje til objektivet på mikroskopet for at parasittene i prøven skal fluorescere når vi ser etter signal.

En parasitt vi ser på når vi undersøker om halen har fått et signal. Vi tok et eget bilde av hode også siden vi synes det var litt morsomt.

Her åpner vi posen med ciona fangsten fra Øygård.

I tillegg fikk vi være med på en utflukt til Øygarden for å samle inn Ciona intestinalis, som er hoveddyremodellen til laben. De kaller denne tiden av året for «Ciona-sesongen», fordi det er nå de vokser i store mengder. Vi samler inn Ciona hver uke for å bruke dem i ulike forsøk.

Det var alt for nå, vi ses i neste (og siste!) blogginnlegg!